Kampung Waninggap Miraf merupakan kampung yang dibentuk dari Unit Pemukiman Transmigrasi (UPT) yang dilaksanakan oleh Departemen Transmigrasi dan Perambah Hutan yang disebut dengan Satuan Pemukiman Lima (SP.5) Tanah Miring. Penempat warga transmigran dilakukan pada bulan November 1993-1994 dengan jumlah warga transmigran umum dari luar Papua dan warga transmigran lokal warga Papua semua berjumlah 300 kepala keluarga dengan 1.266 jiwa. Komposisi transmigran umum sebanyak 250 kepala keluarga dengan 1.160 jiwa dan transmigran lokal sebanyak 50 kepala keluarga dengan 106 jiwa. Transmigran umum berasal dari 3 (tiga) provinsi di pulau jawa, yaitu Provinsi Jawa Barat, Provinsi Jawa Tengah dan Provinsi Jawa Timur.

Setelah dibina selama 4 tahun oleh Departemen Transmigrasi, maka diserahkan ke Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke dan dijadikan kampung definitif pada tahun 1998 dengan nama Kampung Waninggap Miraf. Sebagai suatu kesatuan masyarakat hukum yang memiliki batas wilayah yang berwenang untuk mengatur dan mengurus urusan pemerintahan, kepentingan masyarakat setempat berdasarkan prakarsa masyarakat, hak asal usul, dan/atau hak tradisional yang diakui dan dihormati dilakukan pemelihan kepala kampung pada tahun 1999 untuk periode tahun 1999-2004, dimana yang terpilih adalah Triyono. Triyono menjabat sebagai kepala kampung selama 8 (delapan) bulan karena meninggal dunia. Selanjutnya dilakukan pemilihan kepala kampung yang baru pada tahun 2000 dan yang terpilih adalah Datum untuk masa jabatan tahun 2000 sampai dengan tahun 2005. Datum dalam melaksanakan jabatan sebagai kepala kampung hanya berlangsung selama 2 (dua) tahun karena mengundurkan diri dan untuk menyelesaikan masa jabatan kepala kampung tersebut di jabat oleh Sekretaris Kampung.

Pada tahun 2005 dilakukan pemilihan Kepala Kampung Waninggap Miraf dan yang terpilih adalah Sumardi untuk masa jabatan tahun 2005-2011. Pada tahun 2011 dilakukan pemilihan Kepala Kampung Waninggap Miraf dan yang terpilih adalah Sayetno Sanio untuk masa jabatan 2011 sampai dengan tahun tahun 2017. Dengan berakhirnya masa jabatan Kepala Kampung Waninggap Miraf, maka dilaksanakan pemilihan Kepala Kampung Waninggap Miraf pada tahun 2018 dan terpilih La Bade yang akan menjalan masa jabatan tahun 2018-2024.

Peristiwa yang menjadi perbincangan di Kampung Waninggap Miraf maupun Kabupaten Merauke adalah pada tahun 2000-2005 dengan program baru yaitu Program Prona 85 kepala keluarga. Tanah prona yang di gunakan adalah tanah restand yang dipakai untuk bangunan perumahan yang proses pembangunan rumahnya menggunakan tanah pinggiran jalan dan disertifikatkan untuk menjadi hak milik. Langkah ini di jalankan guna untuk menghidupkan pasar kampung yang terhenti karena tidak adanya perhatian dari pemerintah, tetapi karena adanya program pemerintah yang lebih besar untuk mengangkat hajat hidup orang  banyak, yaitu adanya pelebaran jalan provinsi maka program prona di gusur karena daerah yang di gunakan.

Prestasi yang dicapai Kampung Waninggao Miraf dalam menjalankan pajak bumi dan bangunan mendapat kriteria kampung terbaik, dimana dua kali juara lomba pajak bumi dan bangunan. Juara diperoleh pada tahun 2006 dan tahun 2008.